Stefan van der Heijden heeft bijgedragen aan een uitgebreide evaluatie van het onderzoeksprogramma van Wageningen Plant Research (WPR) in 2017. Hierbij zijn de volgende elementen aan de orde gekomen: Visie, missie en strategie; demografische opbouw van de organisatie; kennisbasis; investeringsstrategie; WPR in One-Wageningen; en valorisatie. Tenslotte is de kwaliteit en levensvatbaarheid van de organisatie beoordeeld evenals de sociale en economische impact. Hetzelfde is gedaan voor de individuele werkmaatschappijen, negen in totaal.
